經過最近幾年上上下下各方面的共同努力，農村污水治理工作取得了重大進展，實現了“十三五”規劃提出的農村污水處理率要達到30%以上的目標。但也應看到，農村的污水治理成效與農民的期待還有很大差距，與鄉村振興的要求還有很大差距，農村污水治理還存在以下問題。目前限制農村污水處理設備應用的因素：

1、一些地區存在“一刀切”、忽視鄉村“個性”的問題。目前，我們國家約有260萬個村子。鄉村與鄉村之間的差異巨大，區位條件不同、人口組成不同、群體聚集度不同、污水成分規模不同、水環境承載力不同、經濟水平不同、發展需求不同等。就是一個縣內、一個鄉鎮內，各個村莊的差別也是很大的。這種情況下，很難用一個模式、一種工藝去做污水處理。而實際情況是，有些縣市區把需要治理的各村的污水治理項目一起打“包”，統一招投標。中標企業按照一套設備、一套工藝、一套標準去施工。表面上看，這是“一碗水端平”，實際上很難把各村莊的污水問題都解決好，甚至還會產生新的問題。

3、一些地區排放標準“城鄉一致”，存在沒有結合鄉村實際的問題。目前，農村污水沒有全國通行的標準。為了解決這個問題，2018年9月29日，生態環境部、住房和城鄉建設部聯合印發了《關于加快制定地方農村生活污水處理排放標準的通知》，要求各省原則上于2019年6月底前制定完成地方標準。盡管《通知》給出了制定農村污水處理排放標準的一些基本原則，但各省檢測控制項目數量多少不一。一些省很多指標照搬了城鎮污水的排放標準。對于農村來說，污水里的氮、磷等所謂的“有害成分”，其實是農作物的營養元素。

4、一些地區沒有建立有效運行機制。不少農村通過政府投資做到了設施全覆蓋，但污水問題未得到全面解決。因為很多設施只是擺設，并沒有運行。出現這種情況，有的是因為后續資金跟不上，有的是因為技術維護跟不上，但主要還是沒有建立有效的運行機制。一些地方明顯存在著重建設輕運營、重投入輕管理的問題。